Les origines lointaines de l'Université Lovanium remontent à 1925 quand l'Université Catholique de Louvain (Belgique) prit l'initiative de créer, à Kisantu (Province du Kongo Central) un centre médical pour la formation des infirmiers, la FOMULAC (Fondation Médicale de l'Université de Louvain au Congo). Puis, au lendemain de la première guerre mondiale, il apparut aux promoteurs de la FOMULAC que le moment était venu de hâter la promotion des élites congolaises. C'est ainsi que fut créé, en 1947, le Centre Universitaire Congolais Lovanium (CUCL) que ses dirigeants attendaient transformer le plus rapidement possible en un enseignement universitaire proprement dit. 

Deux ans après, à travers un arrêté royal du 21 février 1949, fut officiellement créée l'Université Lovanium (dont le nom aux consonances latines rappelle l'Université de Louvain plus de 5 fois centenaires dont elle est l'émanation). La décision d'installer l'Université à Léopoldville (Kinshasa) fut prise à la fin de l'année 1950 et Lovanium obtint du Gouvernement la cession d'une vaste colline sur le plateau de Kimuenza, à quelque 12 km au sud de Léopoldville. La construction de l'Université démarra en 1953, sous la direction du major P. Boulengier (officier des forces coloniales), ayant une solide réputation en bâtiments militaires. La première pierre du bâtiment avait été prélévée dans un mur des Halles de Louvain (le plus ancien bâtiment de l'Alma Mater louvaniste dont la date de fondation remonte à 1425). Un campus de 270 hectares fut construit comprenant des bâtiments pour l'enseignement, l'organisation sanitaire, et l'ensemble résidentiel des professeurs, des membres du staff et des étudiants mariés. Les étudiants célibataires étaient logés en des bâtiments alignés entre l'église et le stade omnisports.

Dès sa deuxième année de fonctionnement, des pays africains de langue française y envoyèrent un grand nombre d'étudiants : le Rwanda venait en tête avec 83 inscrits, puis le Cameroun et le Burundi avec respectivement 17 et 11. Puis, en 1963, l'Université décida d'ouvrir des Instituts préparatoires à Léopoldville, Kisantu, Stanleyville et Bukavu. De 1954 à 1970 l'Université délivra 1.375 diplômes, dont 50 diplômes post graduats, 30 doctorats avec thèse, deux diplômes d'agrégé de l'enseignement supérieur et 18 diplômes des specialisation en médecine).

En 1971 l'Université Lovanium est abolie par le Président Mobutu et englobée dans UNAZA, l'Université unique du Zaïre. On créa alors UNIKIN, l'Université de Kinshasa. Émeutes estudiantines, grèves, restructurations, et surtout un manque énorme de soutien financier par le gouvernement, conduisirent l'Université en grande difficulté.