Le 8 janvier 1997, l’AFDL annonce que le général André Kisase Ngandu a été tué dans une embuscade tendue par les Maï-Maï. Les circonstances de son assassinat n'ont jamais été élucidées jusqu'à ce jour, certains estimant qu'il avait été simplement tué par ses compagnons.

Le matin de ce jour-là, André Kisase quitte Goma pour se rendre à Beni-Bunia, en passant par Rutshuru, Kanyabayonga et Butembo. Le Major Jacques Nziza organise l’escorte de celui qui était alors le Commandant en chef de l'Alliance des Forces Démocratiques pour la Libération.

Le major Nziza met à sa disposition 5 véhicules comprenant 36 personnes. Kisase Ngandu prend place dans un pick-up double cabine Toyota, deux véhicules le précédent et 2 autres ferment le convoi. C’est entre Rutshuru et l'entrée du parc des Virunga qu’il aurait eté abattu.

Au lendemain de sa mort, les esprits critiques rappelèrent que Kisase Ngandu faisait de l’ombre à LD Kabila. Le début du conflit entre Kisase Ngandu et LD Kabila surgit lors de l'arrivée de ce dernier à Goma (les villes d'Uvira et Bukavu venaient d'être prises par l'AFDL).

A son arrivée à Goma, LD Kabila fait alors une première déclaration en tant que "porte-parole de l’AFDL" mais, deux jours plus tard, il commence à se présenter comme le "Président de l'AFDL" (sans l'accord des autres membres de l'AFDL, dit-on).

Selon les témoignages de leurs proches, Kisase Ngandu ne cessait de reprendre LD Kabila, lui faisant savoir qu'il n'était que le porte-parole de l'Alliance. Il lui demandait d'arrêter de se présenter devant la presse internationale comme son Président.

Et très rapidement, une sourde rivalité s’installa entre Kisase et Kabila quant au contrôle du mouvement (l’Alliance des Forces Démocratiques pour la Libération). Appuyé par le Rwanda, LD Kabila finit par prendre de l’ascendant sur son rival.