Le 5 janvier 2009, Bosco Ntaganda, n°2 du CNDP, annonce qu'il a déposé Laurent Nkunda et qu'il prend la tête du CNDP. A partir de ce jour-là, Ntaganda jouira de la pleine confiance des Gvnt de RDC et du Rwanda, en dépit du fait qu'il faisait l'objet d'un mandat d'arrêt

C'est en fin d'après-midi ce jour-là que, dans un communiqué transmis à la radio BBC, un groupe d'officiers du CNDP - avec Ntaganda à leur tête - affirmait avoir démis de ses fonctions Laurent Nkunda pour "mauvaise gouvernance" et "mauvais leadership".

Ce communiqué était signé de la main du chef d'état-major du CNDP, Bosco Ntaganda, et un porte-parole de ce groupe d'officiers, Désiré Kamanzi, s'exprimera sur les ondes de la BCC, affirmant que cette décision avait été prise au cours d'une réunion du cmdt militaire du CNDP

Dix jours après cette annonce, soit le 16 janvier, Bosco Ntaganda fera une apparition publique à Goma, aux côtés de Célestin Mbuyu Kabango, alors ministre de l'Intérieur de la RDC, et d'officiers supérieurs de l'armée de RDC (dont le Général John Numbi).

Il déclarera avoir mis fin à la rébellion du CNDP et avoir engagé ses forces dans l'opération militaire conjointe décidée par les Gnvt de RDC et du Rwanda contre le groupe armé des FDLR. James Kabarebe, alors chef d'état-major de l'armée rwandaise, était également présent.