Le 21 février 1949, un arrêté royal crée l'Université Lovanium (dont le nom aux consonances latines rappelle l'Université de Louvain, plus de 5 fois centenaires et dont elle est l'émanation). Sa construction démarra en 1953, sous la direction du major P. Boulengier.

Les origines lointaines de Lovanium remontent à 1925 quand l'Université Catholique de Louvain (Belgique) prit l'initiative de créer, à Kisantu, un centre médical pour la formation des infirmiers, la FOMULAC (Fondation Médicale de l'Université de Louvain en Afrique Centrale).

Au lendemain de la 1ère guerre mondiale, il apparut qu'il était temps de hâter la promotion des élites congolaises. C'est ainsi que fut créé, en 1947, le Centre Universitaire Congolais Lovanium (CUCL) que ses dirigeants attendaient transformer en enseignement universitaire.

Et ce 21 février 1949, un arrêté royal instituait l'Université Lovanium. La décision d'installer l'Université à Léopoldville (Kin) fut prise à la fin de l'année 1950 et Lovanium obtint de la Colonie la cession d'une vaste colline sur le plateau de Kimuenza, à 12km au sud de Léo

La construction de l'Université démarra en 1953, sous la direction du major P. Boulengier (officier des forces coloniales), ayant une solide réputation en bâtiments militaires. La première pierre du bâtiment avait été prélevée dans un mur des Halles de Louvain, en Belgique.

Un campus de 270ha fut construit, avec des bâtiments pour l'enseignement, l'organisation sanitaire, et l'ensemble résidentiel des prof, des membres du staff et des étudiants mariés. Les étudiants célibataires étaient logés en des bâtiments alignés entre l'église et le stade

Dès sa deuxième année de fonctionnement, des pays africains de langue française y envoyèrent un grand nombre d'étudiants : le Rwanda venait en tête avec 83 inscrits, puis le Cameroun et le Burundi avec respectivement 17 et 11 étudiants.

Puis en 1963, l'Université ouvre des Instituts préparatoires à Kisantu, Stanleyville et Bukavu. De 1954-1970, l'Université délivra 1.375 diplômes, dont 50 diplômes post graduats, 30 doctorats avec thèse, 2 diplômes d'agrégé de l'enseignement et 18 spécialisation en médecine

En 1971 l'Université Lovanium est abolie par Mobutu et englobée dans UNAZA, l'université unique créée au Zaïre. On créa alors UNIKIN, l'Université de Kinshasa. Émeutes estudiantines, grèves, restructurations, et manque de soutien financier ont mis l'université en difficulté