Le 2 janvier 2014, le colonel Mamadou Moustapha Ndala est tué dans une embuscade à moins de 10km de la ville de Beni, pendant qu'il se dirige vers Erengeti, dans le cadre des actions contre les groupes armés. Il mourra sur place avec d’autres compagnons d’armes.

Quelques jours après sa mort, une commission d'enquête militaire fut mise en place à Beni et ++ officiers FARDC furent interpellés. Alors qu’à l'origine, le gouvernement évoquait la piste des ADF, c’est celle d'un règlement de comptes au sein des FARDC qui sera privilégiée.

Au cours du procès, le principal témoin (son chauffeur, qui avait échappé à l'attentat), le Sergent Arsène Ndabu fera une longue déposition dans laquelle il indiquera à la Cour que durant l'enquête, il avait été forcé de donner une version des faits différente de la réalité.

Il dira notamment au sujet de l'incendie de la jeep de Mamadou, qu'après le tir de la roquette, il avait quitté le lieu avec le corps de Mamadou déjà mort à l'intérieur, pour aller chercher des renforts, et avait été surpris de constater à son retour que la voiture brûlait.

Au lendemain de sa déposition, il est conduit à l'hôpital, mourant. Il décédera le jour suivant à 7h et ses collègues en colère affirmeront qu'il a été lui aussi éliminé. En novembre 2014, le verdict final tomba après plus d’un mois d’audiences à Beni : le lieutenant-colonel FARDC Birocho Nzanzu Kosi et un rebelle ougandais des ADF – en fuite – seront condamnés à la peine capitale par la Cour militaire opérationnelle du Nord-Kivu. D'autres peines seront prononcées pour d’autres prévenus et trois personnes seront acquittées.

Mamadou a été enterré le 6 jan 2014, après avoir été élevé au grade de Général de brigade. Il a toujours été considéré comme le héros de la guerre contre la rébellion du M23, car c’est sous son commandement que les FARDC avaient repris leurs lettres de noblesse au Nord Kivu.