Le 5 avril 1921, son mari Simon Kimbangu l’instruit de sonner la cloche le lendemain avant que le culte matinal du 6 avril 1921, un mercredi. Marie Muilu exécuta avec obéissance l’ordre de son mari, devenant ainsi la première femme catéchiste. Pour les autorités religieuses, elle avait donc enfreint la loi qui voulait que la cloche ne soit sonnée uniquement par les hommes et les dimanches. Un grief qui sera mis dans son « casier judiciaire ».
Le 12 septembre 1921, Simon Kimbangu est arrêté par l’autorité coloniale belge. Le 15 septembre 1921, Marie Miulu et ses enfants sont aussi arrêtés puis séparés : l’aîné, Kisolokele est envoyé à Boma « pour subir lavage de cerveau », les deux autres enfants (Dialungana et Diangienda) avec leur maman sont assignés en résidence à Ngombe Kinsuka à NKamba (à environ 306 km de Matadi). Le 3 octobre, le jugement est rendu à l’encontre de Simon Kimbangu et il est condamné à mort.
Le 10 octobre 1921, avant son incarcération, Simon Kimbangu demanda à voir sa femme et ses enfants. C’est en ce jour que Simon Kimbangu lui confia la mission de prendre soins des enfants, de conserver et de transmettre son message prophétique, et de veiller sur le mouvement naissant.
Durant les 30 ans d’incarcération de Simon Kimbangu, c'est Marie Muilu qui est officiellement responsable de l’église. Elle fait preuve de beaucoup de courage car, en dépit de l’interdiction formelle des réunions des prières, elle organise clandestinement des rencontres à Ngombe Kinsuka, et ce, depuis l’arrestation de son mari Simon Kimbangu jusqu’à sa mort en 1959. Elle ne cessa de soutenir son mari, s’identifiant à son appel, relayant ses mots d’ordre, encourageant ses fidèles, et luttant pour l’institutionnalisation du mouvement Kimbanguiste.
Pour les fidèles Kimbanguistes, Mama Muili est considérée comme la première cheffe spirituelle de l’église Kimbanguiste, au regard de son apport à l’encadrement des partisans et à sa consolidation.
Le 12 avril 1959, quelques avant sa mort, elle distribue les cartes de catéchistes aux premiers cadres de la nouvelle Église Kimbanguiste et avant de passer le relais du leadership de l’Église à son troisième fils, Joseph Diangienda Kuntima, alors âgé de 41 ans.
